Công ty TNHH một thành viên Hoa tiêu hàng hải miền Nam được thành lập trên cơ sở hợp nhất 05 Công ty TNHH MTV Hoa tiêu hàng hải khu vực I, V, VII, VIII và IX kể từ. ngày 01/06/2024 theo Quyết định số 963/QĐ-TCTBĐATHHMN ngày 30 tháng 7. năm 2024 của Tổng công ty Bảo đảm an toàn hàng hải miền Nam.